Kort om proteiner

Proteiner er store molekyler som er bygd opp av aminosyrer.  De minste proteinene består av 9 aminosyrer, mens de største kan ha opp til 80 000.

Ovalbumin – proteinet det finnes mest av i eggehvite. (PDB ID: 1OVA. Stein, P. E., Leslie, A. G., Finch, J. T., Carrell, R. W.: Crystal structure of uncleaved ovalbumin at 1.95 A resolution. J Mol Biol 221 pp. 941 (1991))

Vi kan se på proteinene som lange tråder med kortere sidegrupper, eller armer (molekylene er så små at de ikke er synlig, heller ikke med vanlig lysmikroskop). Ofte vil en slik proteintråd være tvunnet, på samme måte som garn, og i tillegg klumpe seg sammen til et nøste. Tråden tvinner seg fordi enkelte av atomene i kjeden og armene har evnen til å gripe tak i hverandre – proteinet håndhilser med andre deler av seg selv. I tillegg varierer armenes forhold til vann – noen er hydrofile (tiltrekkes av vann) og andre er hydrofobe (frastøtes av vann). De hydrofile vil søke mot vannet utenfor molekylet eller holde på vannmolekyler inne i nøstet, mens de hydrofobe vil søke mot områder uten vann inne i eller utenfor nøstet. Dette er en viktig årsak til at proteinet klumper seg sammen til et nøste.

Det finnes et utall ulike proteiner, og avhengig av kombinasjon og plassering av armer, vil de få ulike strukturer og ulike egenskaper. Et gitt protein vil alltid folde seg på samme måte så lenge det ikke er aktivt påvirket til å gjøre noe annet.

Den amerikanske RCSB Protein Data Bank (se lenke i margen) er et fint sted å se hvordan proteinene ser ut på mikronivå. Du må selv søke på et proteinnavn, for eksempel Lysozym (finnes i eggehvite). At proteinene har hydrofile og hydrofobe side sidegrupper/armer er godt illustrert på nettsiden "Basic Principles of Chemistry that Drive Protein Folding" som finnes i høyremargen.